La tossina botulinica è utilizzata con  buoni risultati soprattutto nell’iperidrosi primaria e in particolare per l’iperidrosi ascellare. Si tratta della tossina del batterio Clostridium Botulinum, che provoca un blocco a livello delle sinapsi (interfaccia ghiandola sudoripara e sistema nervoso autonomo), arrestando il rilascio dell'acetilcolina che funge da neurotrasmettitore.  Questa terapia, che non ha controindicazioni né effetti collaterali, viene iniettata sottocute mediante tante micro-iniezioni distanziate di circa 1,5 cm a livello del cavo ascellare o del palmo della mano o della pianta dei piedi. Mentre per il trattamento dell’ascella non è necessaria alcuna anestesia, per il palmo delle mani e per la pianta del piede è preferibile l’utilizzo di una lieve anestesia locale dei nervi mediano e ulnare al polso e tibiale posteriore a livello del malleolo interno della caviglia. L’efficacia del trattamento è variabile a seconda della sede trattata. Il trattamento mediamente tossina botulinica ha una durata di 9-12 mesi nell’iperidrosi ascellare e di 4-6 mesi nell’iperidrosi palmare e plantare.